在舰队指挥官中，当玩家在搭配武器的时候需要分清具体装备类型，其中分为弹道武器、水下武器以及制导武器等等，这些武器的优化始终围绕着武器伤害增加、武器装填加速、武器命中增加等，而制导武器作为舰队的主力武器，在基地战内可以直接翻越城墙攻击目标。
舰队指挥官武器搭配方案
在这款游戏中，武器的选用相对于船体就需要认真考虑，武器属性包含类型、射程、伤害这几个属性我们需要特别注意，这几个属性可以决定我们战舰的用途以及打法，同时不同的类型其适用的战斗不一样，比如高爆武器不适用在舰队战，目标可以操作躲避高爆武器，弹道武器射程较短。
弹道武器
弹道类型武器的特点是射速快、射程短、子弹飞行快，在舰队近战中使用，或者配备为近战防御使用而不作为主力战斗武器，基地战中弹道类型的武器无法越过城墙直接攻击目标，需要优先将城墙摧毁。
水下武器
水下武器特点是射程远、射速慢、自动跟踪目标、仅特殊船体可配备，作为唯一可攻击水下潜艇的武器，其同制导武器一样具有相应的特征，但需要注意水下武器无法攻击陆地上的建筑，因此基地战基本用不到。
高爆武器
高爆类型武器特点是射程远、射速慢、溅射伤害、子弹飞行慢、无法自动跟踪目标，基于高爆武器子弹不跟踪而却飞行慢的情况下，舰队战很容易让对方躲避，因此高爆武器常作为基地战的主力武器，是攻击固定目标的一把好手。
装备最佳配置排行榜
武器装置主要针对战舰进行优化，可以优化战舰武器的射程、装填速度、伤害或者优化战舰的航速、特定防御等，所以在选用最佳武器装置时需要针对自己的战斗需求出发，喜欢风筝打法的指挥官可以选择增加武器射程的装备，喜欢快速冲锋体验的指挥官可以选择战舰航速优化。
| 排名 | 武器配置 |
| 1 | 无尽之刃、卢安娜的飓风、帝国D-53系导弹 |
| 2 | 巨人杀手、最后的轻语、斯塔缇克电刃 |
| 3 | 鬼索的狂暴之刃、正义之手、卢安娜的飓风 |
